Dẹp loạn Phạm Tử Nghi

Năm 1546, Mạc Hiến Tông mất, con là Mạc Phúc Nguyên còn nhỏ lên thay, tức là Mạc Tuyên Tông. Khiêm vương Mạc Kính Điển là người được Hiến Tông chọn làm phụ chính. Trong triều xảy ra biến loạn: Tứ Dương hầu Phạm Tử Nghi muốn lập người em của Mạc Thái Tông là Hoằng vương Mạc Chính Trung (con thứ hai của Mạc Thái Tổ) đã trưởng thành nhưng Mạc Kính Điển không thuận, quyết phò Phúc Nguyên là dòng đích lên ngôi. Tử Nghi bèn cùng Chính Trung khởi binh nổi loạn.

Ban đầu Phạm Tử Nghi thắng thế, Mạc Kính Điển cùng Tây quận công Nguyễn Kính đi đánh Tử Nghi bị bại trận. Tuy nhiên sau đó Tử Nghi nhiều lần tiến đánh Đông Kinh nhưng đều bị Kính Điển kiên cường chống trả nên Tử Nghi không thể chiếm được thành, hao binh tổn tướng, phải đem Mạc Chính Trung chạy ra chiếm cứ Yên Quảng (Quảng Ninh) và thường kéo về cướp phá Hải Dương. Sau Tử Nghi quay sang đánh phá sang Quảng Đông, Quảng Tây, nhà Minh không kiềm chế nổi, sai người sang trách nhà Mạc.

Sau Tử Nghi lại đem Chính Trung quay về Yên Quảng định đánh Đông Kinh. Năm 1551, Mạc Kính Điển mang quân đi dẹp Phạm Tử Nghi, sai kẻ dưới quyền lừa bắt được Tử Nghi đem chém. Mạc Chính Trung bỏ chạy sang Trung Quốc và bị giết. Có thuyết nói Tử Nghi chết về tay người Minh.

Chuyển nguy thành an

Năm 1550, trong khi chưa dẹp xong Mạc Chính Trung thì trong triều lại xảy ra biến loạn khác. Thái tể Lê Bá Ly quyền thế quá lớn, có phần hống hách. Phạm Quỳnh, Phạm Dao xin Mạc Tuyên Tông vây bắt. Vua Mạc nghe theo. Bá Ly cùng thông gia là Nguyễn Thiến mang gia quyến gồm các tướng Nguyễn Quyện, Nguyễn Khải Khang, Lê Khắc Thận chạy vào Thanh Hóa hàng theo nhà Lê.

Nhà Mạc bị tổn thất nặng về nhân sự, nhân tâm dao động, lãnh đạo phe Lê là Thái sư Lượng quốc công Trịnh Kiểm thừa cơ hợp binh với tướng cát cứ ở Tuyên Quang là Vũ Văn Mật tiến đánh. Theo Đại Việt thông sử, lúc đó độc có Mạc Kính Điển tận tụy trung thành phò tá vua Mạc, mang xa giá rời kinh thành sang sông, chạy đến Kim Thành (Hải Dương). Mạc Kính Điển ở lại đốc suất quân sĩ chống cự. Trịnh Kiểm thấy thực lực nhà Mạc còn mạnh, nhân tâm chưa hẳn hướng về nhà Lê, bèn lui quân về.

Tình thế yên ổn trở lại, Kính Điển chủ động mang quân đánh địch trước. Liên tiếp mấy năm mang quân vào Thanh Hóa, dù không thắng lợi nhưng đẩy quân Lê vào thế bị động, kiềm chế sức tấn công của đối phương. Có lần bị tướng Lê là Vũ Lăng hầu Phạm Đức Kỳ đánh thua nặng, Kính Điển phải nhảy xuống sông trốn thoát một mình, ẩn náu trong hang núi 3 ngày, ôm được cây chuối theo dòng nước sông mà thoát về.

Sau khi được con Nguyễn Thiến là Nguyễn Quyện quay về theo nhà Mạc, tình thế quân Mạc phấn chấn hơn, đánh lui được các đợt tấn công của quân Lê.